Desde el Juzgado número 5 de la Audiencia Nacional, Baltasar Garzón fue también el responsable de la investigación de otros delitos de lesa humanidad como: narcotráfico a nivel nacional e internacional, blanqueo de capitales, falsificación de moneda, fraudes económicos de todo tipo, corrupción urbanística, sobornos, defraudaciones fiscales y crimen organizado.
También impulsó el desarrollo real de la Cooperación jurídica internacional a través de diferentes técnicas tales como comisiones rogatorias abiertas que permitían la acción conjunta de los países y que más adelante se convirtieron en equipos conjuntos de investigación; entregas temporales de personas; denuncia de los hechos en el país correspondiente, coordinación entre jueces, fiscales y organismos internacionales para que las operaciones avanzaran en forma simultánea con países tales como Estados Unidos, Colombia, Argentina, Brasil, Chile, Panamá, Ecuador, México, Gran Bretaña, Bélgica, Holanda, Alemania, Francia, Italia, Turquía, Suecia, Rusia, Albania y Marruecos, Suiza, Finlandia, Venezuela, Australia, Yemen, Austria, Hungría, Andorra, Paraguay, Canadá, Bolivia, Mónaco, Liechtenstein, Jersey, Bahamas, Irlanda, Costa Rica, Líbano, Chipre, Mozambique o Perú, entre otros; y con los organismos competentes de la ONU y UE o con la Armada y organismos fiscales de otros países.